蛋白質組學（英語：proteomics，又譯作蛋白質體學），是以蛋白質組為研究對象，研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規律的科學。這個概念最早是在1994年，由Marc Wikins首先提出的新名詞。

       蛋白質組（Proteome）一詞，源于蛋白質（protein）與 基因組（genome）兩個詞的組合，意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”，即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。蛋白質組學本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特征，包括蛋白質的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生，細胞代謝等過程的整體而全面的認識。

研究介紹：

       蛋白質組的研究不僅能為生命活動規律提供物質基礎，也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。通過對正常個體及病理個體間的蛋白質組比較分析，我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質分子”，它們可成為新藥物設計的分子靶點，或者也會為疾病的早期診斷提供分子標志。確實，那些世界范圍內銷路最好的藥物本身是蛋白質或其作用靶點為某種蛋白質分子。因此，蛋白質組學研究不僅是探索生命奧秘的必須工作，也能為人類健康事業帶來巨大的利益。蛋白質組學的研究是生命科學進入后基因時代的特征。